С 28 июня 1996 года до июля 2000 года М.С. Нарикбаев занимал должность Председателя Верховного суда РК. В этот период он возглавлял реформы в судебной системе. Под его руководством совершенствовалось законодательство, касающееся судебной системы и статуса судей, принимались меры по улучшению материально-технического состояния судов и укреплению роли судебной власти в системе разделения властей, разрабатывались меры по усилению статуса и независимости судей, по снижению их рабочей нагрузки. Верховный суд был передислоцирован и начал работу в новой столице. Важным направлением работы была институционализация судейского сообщества. В декабре 1996 г. прошел I съезд судей Казахстана, а также были созданы Союз судей Казахстана и его постоянные органы, вышел первый номер журнала Союза судей «Тура би». В период работы Максута Султановича в должности председателя Верховного Суда РК представители судебной системы смогли в полной мере ощутить заботу государства, которая в том числе проявлялась в повышении статуса судей. Сегодня тот факт, что судьи материально обеспечены и получают достойную заработную плату, — это без преувеличения одна из заслуг М.С. Нарикбаева, стремившегося исключить влияние коррупционных факторов на судебную систему республики. Именно он предложил ввести принцип начисления окладов судей в процентном соотношении к заработной плате председателя Верховного Суда.
На законодательном уровне нашли решение такие вопросы, как создание института присяжных заседателей, создание ювенальных, налоговых и других специализированных судов, обеспечение защиты судей, свидетелей и потерпевших, усиление судебного контроля, разграничение отправления правосудия от судебного администрирования.